Як правильно на суднах чи судах?

Правильно просхиляти слово [транспортне] "судно", у множині потрібно так: І. п. (назустріч йшли що?) – суду; річкою пливуть судна. Збережена копія

У чому різниця між кораблем та судном?

Хоча у повсякденній промові поняття «судно і корабель» вживаються як синоніми, відповідно до морської термінології кораблями є лише військові плавзасоби, цивільні ж плавзасоби слід називати судами. Цим правилом слід користуватися при категоризації статті (цивільне судно чи військовий корабель).