Відповідно до додатків 1 2 як правильно

як правильно: згідно з додатком або згідно з додатком? Правильно: згідно з додатком.

Як пишуться поєднання із додатком?

Правило звучить так: поєднання з однослівними додатками, наступними за словом, пишуться через дефіс.

Як правильно писати в програму або в програмі?

Коректно: додати розділ (у що?) На додаток №2; розділ знаходиться (у чому?) у додатку №2.